Der 1899 gegründete Schwimmclub Schaffhausen ist der drittälteste Schwimmclub in der Schweiz. Waren zur Zeit der Gründung die Herren noch unter sich, wurde 1911 der Damen Schwimmclub gegründet. 1941 war dann die Fusion und die Damen und Herren waren dann alle Mitglieder des Schwimmclub Schaffhausen. Begann alles in der Rhybadi und beim Wasserball im Engiweier ist der Verein seit 1966 in der KSS zu Hause. Aktuell ist der SCS mit einer Schwimmschule, Wettkampfschwimmen und NLA Wasserball aktiv.
In der langen Geschichte des SCS gibt es bei den SchwimmerInnen viele SchweizermeisterInnen in unterschiedlichsten Disziplinen, Olympiateilnehmerinnen und heute ist der SCS Nachwuchsstützpunkt von Swiss-Swimming. Im 2004 und 2005 war der SCS Wasserball-Schweizermeister, im 2004 zusätzlich auch Cupsieger.